经现代医学技术对光绪帝遗存头发等检测后证明，光绪帝为中毒身亡，他头发中含有浓度极高的砒霜。但光绪帝如何服进砒霜的，目前还是一个谜。
袁世凯出任大总统之谜
长期以来，人们都认为民国时期孙中山的让位是由于袁世凯武力施压篡夺了大总统之位，袁世凯出任大总统是篡位之举。但有的历史学家认为，事实上，革命党事先已经承诺只要袁世凯能迫使清帝退位，那么大总统一职非袁莫属，所以，根本就没有什么“让位”的问题，而只不过是“还位”罢了。
当时的情况是这样的：武昌起义爆发后，各省争相响应，革命形势迅猛发展，清政府统治正在风雨飘摇中，在血气方刚的革命者眼中，推翻满清很快就会实现。但作为一位经验丰富的革命家，孙中山对当时的形势有着比其他人更为理智和冷静的分析。
第一，清朝的气数虽然已尽，但仍有一定的实力，并不像一般革命党人所想象的那样是一捅就破的纸老虎。
第二，作为高瞻远瞩的政治家，推翻清帝虽然是孙中山革命的首要目标，但不是最终目标，其最终目标是建立一个强大富强民主的国家，使中华民族跻身于世界民族之林。也就是说，破坏是为了建设，破坏是手段，但不是目的。倘若可以不用破坏就能达到建设的目的，那不更好吗？袁世凯拥有强大的实力，可以迫使清帝退位，完全可以利用袁世凯实现“破坏”的第一步，然后以民主的约法来约束袁世凯，实现建立民主富强国家的理想。倘若能做到这一点，他自己当不当这个大总统是无关紧要的。这正是孙中山人格伟大之处。孙中山也许有幼稚的一面，但他的“天下为公”之心，人皆可鉴。