此外有一个“都察院”是由御史台变来的，专掌弹劾纠察。全国各事都在都察院监督之下。把都察院和六部合起，并称“七卿”。
七卿之外，还加一个“通政司”，一个“大理院”，则称“九卿”。通政司管理章奏，全国中外一切奏章送给皇帝的，都归通政司；这是一个公文出纳的总机关。大理院主平反，一切刑法案件到最后判决不了，有什么寃枉，都可以到大理院求平反。刑部尚书加上都察院和大理院，又叫做“三法司”，这都是司法机关。朝廷一切重大司法案件，就由三法司会审。
上述的九卿，实际上只前面七卿比较重要，后面两个卿就不重要了。在这九卿之上，更无首长。所以明制是“有卿而无公”，成了一个多头政府。刑部不能管吏部，吏部不能管户部；政府诸长官全成平列，上面总其成者是皇帝。
武官则有大都督。全国有五个大都督府。（唐朝有十六个卫。）他们都只管出外打仗时带着兵。至于征调军队，一切动员工作，这是兵部的事，不在大都督职权内。
明代政府经过这样的改变，一切大权就集中到皇帝。我们若把明代政府这样的组织，来回头和汉、唐、宋各代的传统政府一比较，便知以前宰相职权在政府之重要。但明代虽说一切事权集中在皇帝，究竟还有历史旧传统，亦并不是全由皇帝来独裁。有许多事，是必经廷推、廷议、廷鞫的。当时小官归吏部尚书任用，大官则由七卿、九卿或再加上外面的巡抚、总督开会来公开推举，这叫“廷推”。倘使有大事，各部不能单独决定，也常由七卿、九卿公决，这叫作“廷议”。倘使有大的狱讼，三法司解决不了，也由七卿、九卿开会定谳，这叫作“廷鞫”。这一制度，本来汉代早就有。朝廷集议大事，屡见正史记载。可见一切事，还不是全由皇帝独裁的。