次年三月，萧衍等率兵进驻邓城（今湖北襄阳市北），孝文帝率十余万魏军把邓城团团围住。萧衍知城中粮草和兵器缺乏，就与崔慧景商议：“我们现在城中缺粮，如果让士兵们知道，肯定会发生兵变。我建议趁着敌人刚到，没有站稳脚跟，鼓舞士气率军冲杀，或许能够挽回局面。”
崔慧景心中害怕，萧衍说：“北方军队都喜欢游动作战，他们不会夜里攻城的，不久自然回退兵的。”但是没有想到，魏军丝毫没有退却的迹象。不久，魏军集结完毕后，便向齐军展开攻击。崔慧景大惊，看着形势不妙，就打开城门逃跑。其他各部见统帅溜了，也纷纷逃散。在经过离邓城不远的闹沟时，逃兵们争先抢渡，被魏军追杀，死亡无数。萧衍的所带的部队由于平时训练有素，没有溃散，伤亡也不大，最终退到樊城，据城坚守。
史家点评：
独有一萧衍老翁，俭过汉文，勤如王莽，可谓南朝一令主。
——钱穆《国史大纲》
这次战役后，齐明帝萧鸾为了加强雍州防务，特选萧衍为辅国将军兼领雍州刺史。萧衍到任后，延揽人才，积极经营，实力迅速膨胀。
起兵灭齐建梁
萧鸾病死后，他的儿子萧宝卷即位。萧宝卷即位后，不理朝政，残忍无道，先后杀掉了很多大臣，对于一些功臣也毫不留情。对于萧衍，萧宝卷也心存猜疑，认为萧衍有对朝廷图谋不轨的行为，于是派人前往行刺。但是，行刺者十分敬重萧衍，没有去杀萧衍，反而将此事告诉了萧衍。萧衍大惊，暗地里开始积攒力量，准备废掉萧宝卷。